Behandling af bakterieinfektioner i svin udgør en stor andel af det veterinære forbrug af antimikrobielle stoffer i Danmark. I Danmark sendes kliniske prøver fra svin hovedsageligt til Veterinært Laboratorium under Landbrug & Fødevarer, som udfører bakteriedyrkning, artsidentifikation og fænotypisk resistensbestemmelse.
DANMAP (danmap.org) har siden 2015 fulgt udviklingen af antimikrobiel resistens (AMR) i patogene bakterier fra svin, herunder Actinobacillus pleuropneumoniae, hæmolytisk Escherichia coli og Streptococcus suis. I 2021 blev denne overvågning suppleret med helgenomsekventering (WGS) af cirka 700 kliniske isolater med henblik på at identificere resistensgener og -mutationer og sammenligne disse fund med de fænotypiske AMR-data.
Resultater
Overordnet set var forekomsten af resistens i A. pleuropneumoniae, hæmolytisk E. coli og S. suis på niveau med de seneste år. Der var høj overensstemmelse mellem de fænotypiske AMR-data og tilstedeværelse/fravær af tilsvarende resistensgener og -mutationer (100 % for A. pleuropneumoniae, 96 % for hæmolytisk E. coli og 90 % for S. suis).
Enkelte isolater indeholdt gener og/eller mutationer, der kan være forbundet med resistens mod antimikrobielle stoffer, der anses som kritisk vigtige for folkesundheden af Verdenssundhedsorganisationen (WHO). Fx blev resistens mod cefotaxim (3. generations cefalosporin) identificeret i 7 % af de hæmolytiske E. coli-isolater og var altid forbundet med tilstedeværelsen af enten blaCTX-M-1-genet eller mutationer i ampC-promotoren. Desuden blev optrA-genet, som er forbundet med resistens over for oxazolidinoner (fx linezolid brugt i humanmedicin) og fenikoler (fx florfenikol brugt i veterinærmedicin), identificeret i 2 % af S. suis-isolaterne. Endelig blev en mutation i pmrB-genet, som er forbundet med resistens over for colistin, identificeret i 14 % af de hæmolytiske E. coli-isolater, men kun ét af de 15 isolater med denne mutation var fænotypisk resistent over for colistin.
Detaljerede resultater for alle tre patogene bakterier kan findes i DANMAP-rapporten for 2021 (danmap.org).
Konklusion
WGS er et lovende værktøj til overvågning af AMR i A. pleuropneumoniae, hæmolytisk E. coli og S. suis fra svin, og metoden kan supplere fænotypiske AMR-data med mere specifik information om blandt andet resistens overfor kritisk vigtige antimikrobielle stoffer.
Den potentielle brug af WGS til klinisk beslutningstagning, herunder udvælgelse af antimikrobielle stoffer til behandling, kræver imidlertid yderligere undersøgelser. Foruden AMR-overvågning vil WGS-data også kunne bruges til at undersøge, hvorvidt resistensgener og patogene bakteriekloner spredes mellem besætninger i det danske svineproduktionssystem og mellem dette potentielt zoonotiske reservoir og mennesker.
Tilsvarende data for andre patogene bakterier fra svin, herunder Bordetella bronchiseptica, Clostridium perfringens, Erysipelothrix rhusiopathiae, non-hæmolytisk E. coli, Haemophilus parasuis, Klebsiella pneumoniae, Salmonella enterica og Staphylococcus hyicus, vil blive lagt på Dansk Veterinær Konsortiums hjemmeside (vetssi.dk).
Lina M. Cavaco1, Pia T. Hansen1, Svend Haugegaard2, Charlotte M. Salomonsen2, Peter Damborg3 & Jesper Larsen1
1Bakterier, Parasitter & Svampe, Statens Serum Institut.
2Veterinært Laboratorium, Landbrug & Fødevarer.
3Institut for Veterinær- og Husdyrvidenskab, Københavns Universitet.
